Un videogame per progettare proteine sintetiche
La biologia sintetica sui pc di casa con il videogame chiamato Foldit: dal computer i cittadini-scienziati possono progettare proteine sintetiche capaci di funzioni oggi sconosciute, da immunostimolanti a candidati vaccini. Il risultato è frutto della ricerca pubblicato sulla rivista Nature e coordinata da David Baker, dell’Università di Washington.
“Ci sono più proteine possibili che atomi nell’universo ed è emozionante pensare che ora chiunque può aiutare a esplorare questo vasto spazio di possibilità”, rileva Baker. Le proteine sono molecole biologiche essenziali che si trovano all’interno di ogni cellula di ogni organismo. Sono formate da sequenze di aminoacidi unite in filamenti, grazie a catene di molecole chiamate peptidi. Le combinazioni nella successione di queste sequenze di aminoacidi sono praticamente infinite e determinano la complessa struttura delle proteine che dà origine a diverse funzioni, come la digestione e la guarigione delle ferite.
“Progettare proteine completamente nuove è stato per molto tempo il nostro obiettivo con Foldit”, osserva Seth Cooper, dell’americana Northeastern University. “Con questi risultati – aggiunge – dimostriamo che è possibile”. Foldit è stato creato nel 2008 con l’obiettivo di fare ricerca sulle proteine giocando, un po’ come GalaxyZoo coinvolge i cittadini per la raccolta di dati. Finora, tuttavia, i giocatori di Foldit potevano interagire solo con proteine già esistenti. Non c’era modo di progettarne di nuove. Questo perchè costruire nuove proteine è un compito difficile da presentare in un gioco, in quanto la struttura proteica è tridimensionale.
Nella nuova versione i giocatori hanno a disposizione sequenze di aminoacidi e i peptidi e li devono usare come mattoncini lego virtuali per costruire una proteina. I ricercatori hanno testato in laboratorio 146 proteine progettate dai giocatori e 56 di esse sono risultate stabili, suggerendo che erano state prodotte proteine con strutture realistiche.
